Der Ortsteil Missen wurde im Jahre 1346 erstmalig erwähnt und gehörte ursprünglich zum Bistum Meißen, woher auch der Name Missen - ursprünglich "Misne" - abgeleitet wurde.
Seit 1906 gab es in Missen eine Schule. Typisch für den ländlichen Raum war es, in allen kleinen Dörfern die Kinder selbst zu beschulen.
Schon damals wurde erkannt, dass eine Entwicklung des Dorfes nur mit ausgebildeten Fachkräften vorangetrieben werden kann und der Grundstein dafür wird in der Schule gelegt. Im Jahre 1954 wurde das alte Schulgebäude erbaut, um alle Schüler der Schulen aus den umliegenden Dörfern zusammenzuführen. 1956 begann hier der Schulbetrieb. So konnte die Tradition des Lehrens und Lernens in einer ländlichen Schule fortgeführt werden.
In den 70er Jahren war die Größe des Gebäudes aufgrund der immer steigenden Kinderzahlen nicht mehr ausreichend. Man entschied sich für den Neubau eines Schulgebäudes, der im Jahr 1977 fertiggestellt wurde. Damit etablierte sich die Schule Missen als Zentralschule für die umliegenden Dörfer. Im Jahr 1992 musste die Gesamtschule wegen fehlender Zweizügigkeit geschlossen werden, und es stand dem Ort Missen und den 15 Einzugsgemeinden nur noch eine Grundschule zur Verfügung.
Schon von dieser Zeit an versuchten das Lehrer- und Erzieherteam gemeinsam mit engagierten Eltern diese Grundschule im ländlichen Raum mit ihren gegebenen und besonderen Bedingungen zu einem kulturellen Mittelpunkt im Dorf und einer Anlaufstation für Kinder und Jugendliche auch über den Unterricht hinaus werden zu lassen.
Neue pädagogische Wege und bewährte Methoden mussten auf ein zeitmäßiges Schulprogramm zugeschnitten werden. Das Kollegium nutzte alle Möglichkeiten, so z.B. Weiterbildungen und die Mitwirkung in der Arbeitsgruppe „Kleine Grundschule" im Ministerium.
Bereits 1995 nahm die Grundschule Missen am 6-jährigen Modellversuch „Kleine Grundschule" teil. Im Schuljahr 2000/ 2001 wurde der Modellversuch beendet. Anliegen des Versuches war die Entwicklung und Sicherung einer qualitätsgerechten pädagogisch-didaktischen Konzeption und daraus entstand der feste Platz im Netzwerk „Kleine Grundschule".
Für das Team stand fest, über die weitere Entwicklung der 6-jährigen Grundschule nachzudenken. Man erarbeitete ein Schulprogramm, wobei neue Akzente gesetzt wurden. In diesem Zusammenhang stellte die Schule den Antrag auf einen Modellversuch zur Gestaltung einer ganztagsgeführten Grundschule. Dieser Antrag wurde am 2. Juni 2002 dem Bildungsminister Steffen Reiche persönlich übergeben. Nachdem die rechtlichen Eckpunkte und Bedingungen für die Errichtung ganztägig geführter Grundschulen vorgegeben waren, wurde der entsprechende Antrag gestellt. Dieser wurde am 1. April 2004 genehmigt. Seit dem Schuljahr 2004/ 2005 wird hier in der Form einer verlässlichen Halbtagsgrundschule + Hort + ergänzendes Angebot gearbeitet.
Als Multiplikationsschule sind wir Anlaufstelle, Organisator und Gestalter von Weiterbildungen und Beratungen für andere kleine Grundschulen im ländlichen Raum. Bis heute sind wir im Netzwerk „Kleine Grundschule", dem insgesamt 5 Grundschulen angehören. Regelmäßige Fortbildungen und Arbeitskreise stehen auf dem Arbeitsplan.
Immer stärker zeigen sich die Vorzüge dieser kleinen Grundschulen im ländlichen Gebiet. Durch die beispielhafte Bildungs- und Erziehungsarbeit am Ganztagsstandort Missen wurden wir als eine von 5 Grundschulen im Land Brandenburg zum Konsultationsstützpunkt ernannt und sind in diesem Rahmen Anlaufpunkt für Hospitationen und Fortbildungen von Lehrern, Erziehern, Eltern und Schulträger.
Da das in den 70ger Jahren erbaute Schulgebäude nicht den brandsicherheitstechnischen und baulichen Anforderungen gerecht wurde, liefen innerhalb der Stadtverordnetenversammlung Vetschau Gespräche über die Umbaumaßnahmen und einen Umzug in das denkmalgeschützte Schulgebäude, das in unmittelbarer Nähe der jetzigen Schule liegt. Nach der Genehmigung der Fördermittel konnte die Rekonstruktion des ehemaligen und unter Denkmalschutz stehenden Schulgebäudes beginnen.
Seit dem 2. November 2009 lernen und leben nun wieder über 130 Kinder in dem modernen aber dennoch ehrwürdigen Haus.